Os mais antigos vestígios da acção humana neste território (vários instrumentos lítios talhados, atribuíveis ao Paleolítico) possuirão alguns milhares de anos e foram recolhidos em praias antigas e actuais, nomeadamente entre a Boa Nova e Almeiriga. A fixação das gentes a estas terras ter-se-á iniciado há cerca de 5000 anos, durante o Neolítico, tendo chegado até aos nossos dias ténues vestígios dos monumentos funerários dessa época: as antas. Em Lavra, Perafita, Leça do Balio, Santa Cruz do Bispo, Guifões e S. Gens, localizar-se-iam importantes núcleos destes monumentos.
Nos finais da Idade do Bronze, à semelhança do resto do Noroeste Peninsular vai expandir-se um novo tipo de habitat proto-urbano de altitude (os castros), associado a uma cultura de características próprias e que perdurará até ao século I. Ainda hoje são significativos os vestígios de castros existentes no concelho, destacando-se pela sua área e espólio já recolhido o Castro do Monte Castêlo em Guifões. As condições naturais de navegabilidade do estuário do Rio Leça até este local proporcionaram o afluxo, por via marítima, de diversas mercadorias provenientes de lugares longínquos do Império Romano, que aqui eram descarregadas e redistribuídas para outros sítios desta região.
A integração desta região no Império Romano vai provocar profundas alterações estruturais no território e no povoamento. A abertura de vias (como a estrada Cale-Bracara Augusta) e a construção de pontes (como a Ponte da Pedra) fazem parte duma política generalizada de desenvolvimento das comunicações e do comércio, associada à Pax Romana. O estuário do Leça e a zona de Lavra terão sido, neste contexto, os locais mais romanizados, bem atestados nesta última por vestígios de uma villae e de estruturas de produção de garum e de sal.
Na Alta Idade Média este território foi marcado pela fundação de mosteiros e conventos, nomeadamente o Mosteiro de Bouças. Foi este mosteiro, cuja origem remonta ao século X, que fez desenvolver todo o aglomerado populacional e que no século XIII encabeça a divisão administrativa do Julgado de Bouças que está na base do actual concelho de Matosinhos. Outro importante monumento medieval é o Mosteiro de Leça do Balio, cuja origem remonta ao século X e que, no século XII, viria a ser a primitiva sede em Portugal da Ordem Militar dos Cavaleiros Hospitalários. Possuíam também importantes propriedades no actual território do concelho de Matosinhos os mosteiros de Lavra,de Moreira e de Aldoar.
Nos finais do século XIV uma pequena comunidade de frades da Observância Franciscana vai-se instalar junto da praia da Boa Nova fundando o Oratório de S, Clemente das Penhas. Este pequeno convento virá, algumas décadas mais tarde, dar origem a Convento da Conceição de Leça que foi fundado no século XV no local onde actualmente existe o parque municipal da Quinta da Conceição.
No século XVI, com carta de Foral atribuída em 1514 por D. Manuel I, assumindo-se como um importante centro produtor agro-pecuário e sede de ricas propriedades, Matosinhos torna-se um dos principais pólos abastecedores do Porto numa altura em que freguesias como Ramalde, Foz e Aldoar ainda faziam parte do seu território.
É neste século que se constrói a actual Igreja de Matosinhos e para onde se transfere a antiga imagem do Bom Jesus até então depositada no Mosteiro de Bouças. A crescente importância deste culto levará, dois séculos mais tarde, a uma profunda remodelação do templo efectuada pelo arquitecto italiano Nicolau Nasoni. A extensão que o culto e a devoção ao Senhor de Bouças tinham já alcançado no Brasil, então em pleno apogeu do “ciclo do ouro”, foram um elemento determinante na realização deste ambicioso projecto. A este arquitecto são também atribuídas importantes obras nas quintas do Chantre (Leça do Balio) e do Bispo (Santa Cruz do Bispo), Capela de S. Francisco (Quinta da Conceição).
Mas o concelho é fruto também da sua abertura ao mar. Por ele partiram muitos mareantes na época dos descobrimentos, assim como os emigrantes que demandavam as terras do longínquo Brasil. São nomeadamente os mareantes deste lugar de Matosinhos que no século XVII fundam a Confraria do S. Salvador de Bouças e organizam o culto do Bom Jesus, cuja devoção cresceu como uma invocação protectora para todos os que andavam sobre o mar. Por ele veio, em 1832, o exército comandado por D. Pedro e que desembarcando em Arnosa-Pampelido implantou definitivamente o liberalismo em Portugal. Por ele chegou, mais recentemente, uma importante comunidade piscatória que se fixou em Matosinhos e que, conjuntamente com a indústria conserveira, formaram o principal motor de desenvolvimento do concelho ao longo do século XX.
Em 1833, quando se procedeu à reorganização administrativa de Portugal, foi criado o Concelho de Bouças, tendo sido a sede do concelho fixada, a partir de 1836, no lugar da Senhora da Hora que então foi elevada à categoria de Vila de Bouças. Ali se manteve a sede do concelho até que, em 1853 se criou a vila de Matosinhos, abrangendo as freguesias de Matosinhos e Leça da Palmeira, passando esta a ser a sede do concelho. Com esta reorganização administrativa o concelho de Bouças passou a incorporar as freguesias de Lavra e Perafita, que anteriormente pertenciam à Maia e ainda as freguesias de Leça do Balio, Custóias e S. Mamede de Infesta que tinham pertencido, até 1834, ao antigo Couto de Leça. Em 1895, quando se construiu a Estrada da Circunvalação, as freguesias de Aldoar, Ramalde e Nevogilde foram desanexadas e integradas no concelho do Porto. Em 1909 a Câmara Municipal solicitou a mudança de nome para Concelho de Matosinhos, uma vez que entendiam que o lugar de Bouças era insignificante, solicitação que se concretizou por um decreto de 6 de Maio de 1909.
A necessidade de um porto de abrigo para os navios que se dirigiam à cidade do Porto levou à construção, em finais do séc. XIX, do Porto de Leixões. Era o início de um processo de transformação nítido em todo o desenvolvimento urbanístico e industrial da cidade de Matosinhos, onde a pesca da sardinha e a indústria conserveira foram o principal motor de desenvolvimento que levou a que, em 28 de Maio de 1984, Matosinhos fosse elevado a cidade.